“十五”期间，吕祝章博士参与了国家自然科学基金重大项目“大豆优异基因资源的发掘及其基因组研究”。2007年以来，吕祝章博士继续对大豆遗传育种进行潜心研究，利用ZKS-HX构建了我国第十张大豆遗传图谱，在国际上首次定位了控制叶耳颜色基因和控制核转运因子有关的功能基因，向国家中期库提交了272份各具特点的优异大豆种质，丰富了我国大豆遗传资源库。
国际上大豆遗传图谱的构建始于1988年，我国大豆遗传图谱的研究工作开始于1997年。吕祝章博士于2009年构建完成了我国“第十张大豆遗传图谱”，此图谱覆盖的基因组长度为2 348.3 cM，将控制茸毛色(Pb)、花色(W)、叶耳色(Le)及控制核转运因子有关的Contig-139基因进行了定位，控制叶耳颜色基因和控制核转运因子有关功能基因定位在国际上属首次定位；此图谱同时定位了影响蛋白质含量、油分含量、产量、百粒重和生育期等5个大豆重要农艺性状的16个QTL位点。
在构建“第十张大豆遗传图谱”的过程中，吕祝章博士团队对600余份大豆地方品种和创新品种进行了研究，创造了大豆新品种8个，创新材料56份，创建了适合遗传作图研究的含有122个株系的种间大豆重组自交系群体ZKS-HX，筛选了272种优异大豆种质，并对每份种质进行繁种培育。2009年以来，共向大豆国家中期库提交了136kg样本进行保存与共享利用，272种优异大豆种质每种提供样本500g，极大地丰富了我国大豆遗传资源库，能够较好地解决我国大豆育成品种遗传基础狭窄、亲缘关系相近等突出问题，可在大豆产量、品质及抗逆等重要性状上实现突破，为发展以植物组学为基础的设计育种关键技术奠定了基础，为进一步开展分子设计育种工作提供了重要的技术支撑。
2009年以来，吕祝章博士团队在《植物生理学报》《四川农业大学学报》《河南农业科学》《福建农林大学学报》《湖北农业科学》等知名期刊上发表了有关大豆遗传育种论文9篇，引用量达30多次。
在潜心研究大豆遗传育种的同时，吕祝章博士还就日照当地的特色农作物茶叶、岚芹、花生等对接公司开展合作创新研究，积极将自己的研究成果转化为生产力，针对“日照茶”开发出一套茶树良种快繁技术体系，建立起一套完整的涵盖茶园建立、生产、管理、加工等各关键环节的以茶叶农药安全控制技术为核心的生产模式，建立并实施了茶园土壤生态环境养成技术和有害生物综合防控技术，茶园病虫害综合防治率提高了50%，为日照市茶树优良种苗的繁育和大规模工厂化栽培提供技术支撑。针对“岚山芹菜”保护和发展开展研究，建立起一套完整的涵盖岚芹原种繁育、种苗培育、无公害标准化安全生产与规模化鲜藏保鲜技术规程。（科研与规划发展处）
